اما در آخرین گزارش این سازمان عنوان شده است که چندین گزارش در مورد عوارض مرتبط با این دو سیستم بالون اعلام شده است.
یک نوع مشکل مربوط به بالون های بیش از اندازه پرشده با هوا یا با مایعات بیشتر در معده بیماران بود. این وضعیت منجر به برداشتن زودهنگام بالون ها می شود.
دومین مشکل ابتلا به پانکراتیت حاد است. این عارضه هم منجر به برداشتن بالون ها می شود. این مشکل ممکن است به دلیل فشردگی ساختارهای سیستم گوارش اتفاق بیفتد.
سازمان غذا و دارو آمریکا در گزارشی اعلام کرده که پزشکان نظارت دقیقی بر بیماران دارای این ابزار داشته باشند تا از عوارض احتمالی آن زود مطلع شوند.
